А недавно Марк Руссинович, автор утилит FileMon, TDIMon, ProcExp и других написал заметку про выявление схожих задержек при запуске программ.
http://blogs.technet.com/markrussinovic
Надо признать что анализ стека, что хотя и анализ стека представляется мне довольно радикальной мерой, тем не менее иногда может оказать практическую пользу.